以下、ざっとメモ。
WordPress3.0をマルチサイトでインストールし、メインサイトに記事を投稿すると、パーマリンクに"blog"が勝手についていくるという仕様になっているっぽいです。
例えば、こんな感じ。
http://hogehoge.com/blog/2010/07/28/sample-post/
この"blog"が気持ち悪いので、これを削除するには次のようにやればいけるみたいです。
「特権管理者」→「サイト」→「編集」→「Permalink Structure」から"blog"を削除する。
これでパーマリンクから"blog"を削除することができます。
ただし、これにはバグがあるっぽい。特権管理者ではなく、通常の「設定」にある「パーマリンク」には"blog"が残ってしまっており、このメニューからパーマリンクを変更すると、"blog"がまたパーマリンクに追加されてしまいます。
そのため、手順としては、一度「設定」の「パーマリンク」を変更したのち、「特権管理者」でblogを削除するのがベターかなと思います（「特権管理者」でパーマリンクを変更してもよいような気もしますが）。
元ネタ：http://wordpress.org/support/topic/root-directory-blog-for-wordpress-30-main-multisite
